**自主智能体重塑蛋白质复合物结构预测：针对 MSA 组织的自适应策略超越 AlphaFold 3 默认流程**

_Auto-Research Agent on MSA Organization to Improve Protein-Protein Complex Structure Prediction_

> 研究提出了一种自主智能体，将其作为黑盒实验仪器来优化 AlphaFold 3 的蛋白质复合物结构预测。该智能体摒弃了传统的统一 MSA 处理策略，转而针对特定目标生成生物学假设，并自主分析、重组多序列比对（MSA）及序列配对策略。实验表明，该方法在三个基准测试中均显著提升了预测精度（DockQ 分数提升），特别是在种间异二聚体预测上表现优异，同时平均减少了 60% 的 MSA 序列使用量，证明了基于生物推理的自适应策略优于固定配方。

**来源信息**
- **来源**：HuggingFace Daily Papers（社区热门论文）
- **分类**：ai-models
- **发布时间**：2026-11-04 08:00（北京时间）
- **原文**：[打开原文](https://huggingface.co/papers/2611.03183)